牙周病療程無疼痛/不會引發感染，牙齒的最內層稱為牙骨質。這部分牙齒類似於骨骼，它覆蓋牙髓。像牙釉質和牙本質一樣，牙骨質由無機物（主要是羥基磷灰石），有機物（主要是膠原蛋白）和水製成。牙骨質比牙釉質和牙本質更柔軟，並且由牙根部的成牙骨質細胞分泌。
它也有淡黃色，是牙根頂端最厚的。這部分牙齒的目的是成為一種介質，牙周韌帶（牙齦的韌帶）通過該介質附著在牙齒上，牙周病療程使牙齒穩定。
在每個牙齒的中心是牙髓。牙髓由含有神經和血管的結締組織組成。牙髓為牙齒提供血液和營養物質以及抗感染巨噬細胞和T淋巴細胞。
